-
ביואינפורמטיקה
כל מה שרצית לדעת על ביואינפורמטיקה:ביואינפורמטיקה (ביולוגיה חישובית) עוסקת בחקר המידע הביולוגי באמצעות מחשב. זהו ענף המדע העוסק בניתוח, ארגון והבנה של המידע השאוב מניסויים ביולוגים. הביואינפורמטיקה מיישמת כלים מתחום מדעי המחשב, המתמטיקה, הסטטיסטיקה ותורת המידע לשם עיבוד מידע ביולוגי רחב היקף. כלים אלה כוללים מודלים מתמטיים, אלגוריתמים ותוכניות מחשב, שמתאפיינים בהתמודדות עם מאגרי מידע…
-
רצף שמור
כל מה שרצית לדעת על רצף שמור:בביולוגיה, רצף שמור הוא רצף זהה או דומה מאוד של חומצות גרעין ב-DNA או ב-RNA או רצף חומצות אמינו בחלבון המופיע במינים שונים ונשמר כמעט ללא שינוי לאורך האבולוציה. ככל שרצף מופיע יותר בעץ פילוגנטי הוא נחשב שמור יותר. מאחר שמידע גנטי מועבר בדרך כלל מהורים לצאצאים באמצעות גנים,…
-
רצף הסכמה
כל מה שרצית לדעת על רצף הסכמה:בביולוגיה מולקולרית ובביואינפורמטיקה, רצף קונצנזוס (באנגלית: consensus sequence) או רצף הסכמה מתייחס לנוקלאוטידים או לחומצות האמינו הנפוצים ביותר במקום מסוים במספר רצפים לאחר עימוד רצפים, תהליך שבו משווים מספר רצפים זה ביחס לזה. רצף הקונצנזוס מתואר על ידי השיירים הנפוצים ביותר בכל עמדה בעימוד.פיתוח תוכנה לזיהוי תבניות הוא נושא…
-
סינטניה
כל מה שרצית לדעת על סינטניה:בגנטיקה קלאסית, המושג סינטֶניה (synteny; מיוונית: "מאותו קטע") מתאר את הימצאותם של גנים על גבי אותו כרומוזום. כיום המושג משמש גם לתיאור לא רק עצם הימצאותם אלא גם לתיאור הרצף הספציפי של הגנים על גבי הכרומוזום, ולשם כך משמש גם המונח "סינטניה משותפת" (shared synteny).המושג הקלאסי התבסס על צימוד גנטי…
-
מיזם אלף הגנומים
כל מה שרצית לדעת על מיזם אלף הגנומים:מיזם אלף הגנומים (The 1000 Genomes Project) – הינו מאמץ מחקרי בינלאומי לייסד קטלוג של הגנום האנושי. יעדם של המדענים היה לרצף גנומים של לפחות אלף משתתפים אנונימיים השייכים לקבוצות אתניות שונות בתוך שלוש שנים, באמצעות שימוש בשיטות ריצוף מהדור החדש. המיזם הושק בינואר 2008, ובשנת 2010 הסתיים…
-
סריקה ממוחשבת
כל מה שרצית לדעת על סריקה ממוחשבת:סריקה ממוחשבת (Computational Virtual screening) ובקיצור VS , היא שיטה עיקרית לגילוי ותכנון רציונלי של תרופות באופן ממוחשב. הרעיון מאחורי השיטה הוא יצירת ספריה וירטואלית של מולקולות חדשות. באמצעות ידע קודם על מבנים כימים ותכונותיהן להיקשר אל אתר מטרה מסוים, יוצרים מולקולה חדשה אשר אותה סורקים ובודקים את הכדאיות…
-
Cytoscape
כל מה שרצית לדעת על Cytoscape:Cytoscape היא תוכנה ביואינפורמטית מבוססת קוד פתוח לוויזואליזציה של רשתות אינטראקציות של מולקולות, פרופילי התבטאות גנים ואינטגרציה עם מידע נוסף. התוכנה תומכת בתוספים המרחיבים את יכולותיה בצורות הצגה נוספות, תמיכה בפורמטים נוספים וקישור לבסיסי נתונים נוספים. התוכנה כתובה בשפת Java, וקיים פרויקט מקביל Cytoscape.js אשר מבוסס על JavaScript ומאפשר ניתוח…
-
מודל מרקוב חבוי
כל מה שרצית לדעת על מודל מרקוב חבוי:מודל מרקוב חבוי (Hidden Markov model; ובקיצור HMM) הוא מודל סטוכסטי המאפשר למדל מערכת כתהליך מרקובי עם מצבים חבויים (כאלו שאינם ידועים לצופה).הבסיס המתמטי והאלגוריתמים הבסיסיים המשמשים לניתוח מודל זה פותחו על ידי לאונרד באום, לויד וולש ואנדרו ויטרבי, כשפיתוחים דומים נעשו עוד קודם לכן על ידי המדען…
-
התמרת בורווס-וילר
כל מה שרצית לדעת על התמרת בורווס-וילר:התמרת בורווס-וילר (באנגלית: Burrows–Wheeler transform) היא שיטה לסידור מחרוזת תווים לרצפי תווים חוזרים. סידור זה של המחרוזת מסייע לדחיסת נתונים, שכן קל לדחוס מחרוזת שבה רצפים של תווים חוזרים למשל באמצעות קידוד אורך חזרה (Run-length encoding) או בשיטת העברה קדימה (Move-to-front transform). תכונה חשובה של התמרה זו היא היכולת…
-
גלקסי (ביולוגיה חישובית)
כל מה שרצית לדעת על גלקסי (ביולוגיה חישובית):גלקסי (Galaxy) – הינה תוכנה אינטרנטית חינמית לעיבוד וניתוח נתונים בתחום הביולוגיה החישובית, שנועדה להנגיש את המחקר למדענים חסרי רקע בתכנות מחשבים. התוכנה פותחה עבור מחקר גנומי, אך משמשת כלי למגוון תחומי מחקר בביולוגיה החישובית. נלקח מויקיפדיה הגדרות נוספות הקשורות לגלקסי (ביולוגיה חישובית):•ביואינפורמטיקה•גנומיקה